呼吸衰竭
呼吸科为最早在中国开展呼吸衰竭抢救和研究的单位之一。率先在国内开展肺功能和呼吸衰竭抢救工作，并最早与国内厂家联合研制肺功能测定仪和呼吸机。先后承担国家"七五""八五"攻关课题"肺心病的抢救及其缓解期治疗"、"发展无创伤性机械通气防治呼吸衰竭"，承担卫生部重点项目"呼吸衰竭治疗新技术的研究"，和 "ARDS诊治新技术研究"，大大提高了呼吸衰竭抢救的成功率。获卫生部面向农村和基层推广医药卫生适宜技术和无创性面罩机械通气治疗呼吸衰竭十大推广项目，并先后获得卫生部和上海市科技进步奖多项，培养了大批人才。
目前承担的卫生部重点项目"ARDS诊治新技术研究"充分吸取了国际先进经验，并提出多项创新点主，例如：1）联合应用血液净化和膜氧合器治疗难治性ARDS；2）多中心验证雾化吸入β2-受体激动剂对肺损伤性肺水肿的治疗作用和副作用。将有助于推动本学科跻身于这一领域的国际先进水平，同时培养达国际先进水平的人才梯队，建立ARDS的基础和临床研究平台，向全国开放，提高上海市甚至其它地区的ARDS诊治水平。

肺部感染
中山医院呼吸科肺部感染组具有雄厚的临床和科研实力，曾获中华医学科技奖和上海市科技进步奖等多项，目前承担"十五攻关"项目1项（老年人下呼吸道感染的干预），在国内外发表论文近百篇。中山医院呼吸科肺部感染门诊由专门从事肺部感染临床和科研的高年资医师参加，对肺部感染进行规范化的诊断和制定个体化的治疗方案，并提供国内外有关肺部感染防治的最新进展，以利于有效预防和控制肺部感染的发生。
时间：周四下午

三科会诊
由呼吸科、胸外科、放射科的专家共同坐堂会诊胸和肺部疑难疾病，可使很多没有明确诊断的病例得到迅速确诊。
时间：周四下午

肺癌
设有单科治疗（胸外、化疗、放疗）、综合治疗、同步放化疗、微创手术、靶向治疗、CIK细胞治疗、基因治疗等多项治疗方法。 哮喘：设有变应原皮试、支气管激发试验、脱敏治疗、规范化治疗、指导正确吸入方法、普及哮喘知识及宣教等项目。
时间：周二下午 周四下午

睡眠障碍与鼾症治疗
采用进口睡眠呼吸监测仪准确评估鼾症的病情。开展射频消融术、口腔矫正器、悬雍垂腭咽成形术、微波和经鼻持续气道内正压通气和减肥等治疗。
时间：周一下午

哮喘门诊
哮喘发作致死的原因，主要是由于患者未能明白哮喘的严重性和治疗不规范而延误了诊治。此外，哮喘反复发作也使患者的生活质量下降。通过规范化的管理和治疗，可以使哮喘得到很好的控制，使哮喘病人与正常人一样生活。中山医院呼吸科开设哮喘门诊已有数年历史，承担哮喘发病机制、基因免疫治疗、哮喘新药临床验证以及美国国立卫生研究院食物抗氧化剂和哮喘发病关系等高水准课题，发表相关论文数十篇，在哮喘诊治方面积累了丰富经验。
时间：周三下午

慢性阻塞性肺病
设有实用性健康教育，个体化防治方案，科学性改善症状和综合性康复治疗等新方法，并提供国内外有关COPD防治的最新信息。
时间：周二下午

咳嗽诊疗
有专门从事咳嗽临床和科研的高年资医师和专家参加普通和专家门诊，可为咳嗽患者提供规范化的诊断和治疗以及个体化的治疗方案。
时间：周二、三、五上午